Управление Лицеем осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности в соответствии с законодательством Российской Федерации. Единоличным исполнительным органом Лицея является руководитель (директор), который назначается на должность Учредителем Лицея.
В Лицее формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся: Общее собрание (конференция) трудового коллектива Лицея, Педагогический совет, Наблюдательный совет, Общешкольный родительский комитет. Педагогический совет и Общее собрание трудового коллектива наделены полномочиями выступать от имени Лицея по предварительному согласованию с директором Лицея, а именно:
- представлять интересы Лицея перед любыми лицами и в любых формах, не противоречащих закону, в том числе обращаться в органы государственной власти, органы местного самоуправления с заявлениями, предложениями, жалобами,
- защищать права и законные интересы Лицея всеми допустимыми законом способами, в том числе в судах.