В МОАУ «Лицей №3» с 2021/2022 учебного года функционирует психолого-педагогический класс, созданный на основании Трехстороннего соглашения о сотрудничестве между управлением образования администрации г. Оренбурга, федеральным государственным бюджетным образовательным учреждением высшего образования «Оренбургский государственный педагогический университет» и муниципальным общеобразовательным автономным учреждением «Лицей №3» об установлении партнерских отношений и развитии долгосрочного и эффективного сотрудничества в сфере образования от 11.05.2021года.
В 2021/2022 учебном году обучающиеся лицея принимали участие в олимпиадах, конкурсах, проводимых ОГПУ. В 2021/2022 учебном году стали победителями и призерами в областной олимпиаде школьников по психологии и педагогике и два обучающихся были награждены путёвками Всероссийский юношеский педагогический форум во Всероссийский детский центр «Орленок».